El 21 de octubre de 1999, como parte del proceso de reorientación y modernización de las funciones de la Administración Central, y tomando en cuenta que para "garantizar el crédito oportuno y eficiente dirigido al sector agropecuario a los fines de lograr la seguridad alimentaría de la población, se requiere una institución financiera pública que canalice eficientemente los recursos del Estado en el nuevo Gobierno Bolivariano", el Dr. Ignacio Arcaya, en cumplimiento de sus atribuciones como Presidente Encargado de la República, dicta el Decreto N° 420, con Rango y Fuerza de Ley del Fondo de Desarrollo Agropecuario, Pesquero, Forestal y Afines (FONDAPFA), publicado en la Gaceta Oficial de la República de Venezuela N° 5.397 del 25.10.1999 quedando adscrito al Ministerio de Finanzas, asumiendo como patrimonio, entre otros recursos, los bienes del Fondo de Crédito Agropecuario, F.C.A. (anteriormente, el F.C.A. dependía del Ministerio de Agricultura y Cría).

De esta manera, el FONDAPFA adquiere un carácter más relevante dentro del Sistema Financiero Público, aumentando no sólo su alcance en la atención al productor, sino acercando la posibilidad de apoyo financiero hacia aquellos trabajadores del campo que por sus características específicas no podían acceder al crédito necesario para su desarrollo, al no poseer perfil bancario.

Debido al dinamismo que ha adquirido el sector agrícola venezolano y a la necesidad de adecuación que exige un estado moderno y en constante evolución, el 18 de septiembre de 2001 el ciudadano Presidente de la República Bolivariana de Venezuela, Hugo Rafael Chávez Frías emite el Decreto N° 1.435 con Fuerza de Ley la Reforma Parcial del Decreto de creación del Fondo, quedando establecida la modificación de los artículos 1°, 2°, 4°, 5°, 6°, 7°, 9°, 10°, 11°, 12°, 13°, 14°, 18°, 23°, 26°, 27°, 28°, 29° y 32°; se incluyen los artículos numerados como 8°, 12° y 31° y se suprime el artículo 17° del Decreto 420.

El Decreto N° 1.435 fue publicado en la Gaceta Oficial N°. 37.317 de fecha 05 de Noviembre de 2001, ratificándose en ese día los cambios enunciados, estableciendo además que en lo sucesivo las siglas de la institución pasan a leerse como FONDAFA.

Hoy FONDAFA iza la bandera del éxito en financiar al pequeño y mediano productor agrícola  planteándose el rol promotor del Estado para el desarrollo de una agricultura sustentable orientada a garantizar la Soberanía y la Seguridad Alimentaria, para el abastecimiento, la disponibilidad, la accesibilidad y autonomía suficiente y estable de alimentos a escala Nacional. FONDAFA ejecuta el Plan Integral de Desarrollo Agroproductivo Nacional, emanado del Ministerio de Agricultura y Tierras (MAT), garantizando de esta forma la soberanía agroalimentaria.